Zombie zožrali Mozgostroje

Aj keď Mozgostroje driemu, je čas sa na chvíľu prebudiť a osláviť najdôležitejší zombie sviatok v roku.

Nie sme však jediný kto oslavuje. Vo Filadelfii organizuje dnes Dock Street Brewery ochutnávku piva uvareného špeciálne pre dnešný sviatok.

Pivo nesúce trefný názov “Walker” je uvarené z mozgov. Konkrétne z údených baraních mozgov.

Pivovar sa zjavne snaží diverzifikovať produkciu pre prípad vypuknutia zombie apokalypsy. Aj v prípade, že k zombie nákaze nedôjde Walkerových 7.2 percent obsiahnutého alkoholu je zárukou, že po pár pivách sa budete z krčmy nepríčetne potácať ako pravý zombie.

My ostatní si aspoň otvorme náš štandardný ležiak a namiesto tradičného cheers štrngnime s prívetkom brainz!

Brainz aj vám všetkým!

Nové Mozgostroje

Že už aj Ondrej Havlíček sa dokopal k tomu spraviť si blog bolo pre mňa jasným signálom, že s Mozgostrojmi musím pohnúť. Priznám sa, že som strávil pekných pár dní nad prípravou nového blogu. Na výsledok som však značne hrdý. Ak chcete vidieť skutočne geekovský spôsob blogovania, tak si choďte pozrieť nové Mozgostroje.

Hosting beží cez Github Pages. Github je webová platforma pre kontrolu a zdielanie verzii softwaru a vhodná aj na spravovanie vedeckých projektov. Stránku možno jednoducho pridať ako css/html projekt archivovaný na Githube a Github Pages ju automaticky zobrazia. Čiže nové blogové príspevky publikujem tým že ich pushujem na môj archív na githube. Úžasné.

Samotnú stránku som spravil v Jekylle. Jekyll je oproti WordPressu, Bloggeru a iným štandardným riešeniam oveľa flexibilnejší avšak vyžaduje viacej úsilia a skúsenosti s programovaním web stránok. Mojim hlavným dôvodom prečo som chcel flexibilitu, bola snaha písať články cez Ipythonovské Notebooky. To sú dokumenty kombinujúce Markdown text s Latexom a kódom v Pythone. Každý kto si stiahne Notebook môže spustiť kód, pozmeniť ho a hrať sa s ním. Takisto výsledky programov sú začlenené priamo do dokumentu a tu je v dokonca jedno či je výsledok text, tabuľka, graf, obrázok alebo dokonca animácia. Notebooky zobrazia všetky bežné formáty.

Okrem Notebookov flexibilitu Jekyllu moc nevyužijem. Rozmýšľal som, že by som spravil krajšiu stránku. To by som však musel pre konzistentnosť upraviť aj vzhľad Notebookov a napríklad aj vzhľad grafov. Vzhľad grafov je však silne podmienený ich schopnosťou sprostredkovať komplexný obsah. Rozhodol som sa že uprednostním funkčnosť a prispôsobil som vzhľad blogu vzhľadu Notebookov. Vzhľad je teda značne minimalistický. Myslím však, že v internetovej dobe keď z každej strany na vás vyskočí reklamný popup alebo facebookový like button môže byť takýto vzhľad osviežujúci.

Na komentovanie som pridal Disqus. Tento posledný krok bol až trápne jednoduchý.

Veľa výskumníkov si sťažuje, že písanie vedeckých textov je časovo náročné. Obrovské množstvo času pritom zožerie formátovanie textu, úprava literárnych odkazov a príprava obrázkov, grafov a tabuliek. Notebooky všetky tieto problémy riešia jedným chvatom. Zatiaľčo uvedenie Notebookov do vedeckej publikačnej praxi potrvá ešte desiatky rokov, už dnes môžeme využiť rýchlosť a flexibilitu notebookov pre vedeckú komunikáciu. V tomto zmysle snáď budú nové Mozgostroje oknom do budúcnosti vedeckej komunikácie.

Odkazy Február 2014

1. Časopis Nature sa najnovšie snaží o imidž metodologického policajta. Nature chce vylepšiť review proces aby bol viacej kritický voči štatisticky pochybným výsledkom – tým Nature myslí hlavne nesprávne používanie a interpretáciu p hodnôt. Aby to časopis dosiahol rozhodol sa pre dva kroky. Prvý krok spočíva v pritakávaní existujúcim kritikom. Na stránkach časopisu sa tak dostalo priestoru článku o štatistike. V druhom kroku Nature píše: “We are actively recruiting statisticians to help to evaluate some papers in parallel with standard peer review — and can always do with more help.”

Pochybujem že z tejto iniciatívy sa vykľuje niečo viac ako marketingová vata. Ak hľadáte rozhodnutia editorov ktoré majú reálny vplyv na vedeckú prax tak si môžete prečítať na blogu PlosOne o najnovších zmenách v ich pravidlách pre publikovanie.  Tieto vyžadujú povinné zverejnenie dát pred tým než bude článok publikovaný.

2. Na Kickstarteri sa objavila ponuka ktorá je povinnosťou pre každého skutočného naturalistu. Hans Fex ponúka vreckové mini múzeum. Tvoria ho malé kúsky zaujímavých artefaktov zaliate v priesvitnej hmote. Múzeum tvoria poväčšine archeologické nálezy. Múzeum vám umožní argumentačne zničiť každého kreacionistu, keď vytiahnete z vrecka vzorku dinosaurieho vajíčka, dinosaurieho exkrementu alebo zubu tyranosaura. A posledný uder mu zasadíte upriameným jeho pozornosti na vzorku 3 a pol miliardy rokov starej organickej hmoty. Ani popierači Apollo misie neujdu evidenčnému kladivu. Mini múzeum zahŕňa aj kúsok lesklej fólie z modulu misie Apollo 11 ktorá absolvovala cestu na mesiac a späť. Takže si rýchlo bežte objednať svoje múzeum skôr než sa fosílne zásoby dinosaurích hovien nenávratne minú!

3. Tomasellovi vyšla nová kniha. Tomasello je jeden z popredných svetových etológov pôsobiaci na MPI v Lipsku. Okrem výskumu správania zvierat sa venujú aj vývinovej psychológii, čo robí Tomasellove knihy zaujímavými aj pre mňa. Priznám sa že predchádzajúce Tomasellove knihy, ktoré som čítal sú dosť slabé. Tomasellovi chýba modelovanie, simulácie a iné formálne nástroje na to aby prišiel so solídnou teóriou evolúcie ľudskej mysle. V dôsledku toho dokáže Tomasello ponúknuť len príbehy o tom ako to možno bolo počas evolúcie a ako to možno nebolo. Okrem toho Tomasello mení a vylepšuje svoje teórie každé tri roky, takže ak nemáte moc času asi sa vám najviac oplatí počkať kým Tomasello zomrie a prečítať si jeho poslednú knihu.